日本西南方的雄藩，长州藩，最初就遵行尊皇攘夷的思想。他们对朝廷做工作迫使幕府实行攘夷。在1863年，长州藩对在下关通行的外国船只进行了炮击，并封锁了海峡。翌年，1864年，对这件事，英、美、法、荷四国组成联合舰队，攻击并占领了长州藩的炮台。对欧美军事力量感到威胁的长州藩的木户孝允和高杉晋作等人，产生了要推翻幕府，创造一个能够对抗欧美列强的统一国家，这样的想法。
另一个雄藩，萨摩藩，起初是站在幕府一方的，但是在与英国的战争，萨英之战后，感到幕府体制是有界限的，西乡隆盛，大久保利通等人逐渐掌握了实权。长州藩则是以高杉晋作等人为中心，强化了倒幕运动。对于以武力对抗的长州，幕府在1865年决定征伐长州，幕府动员各藩，打算组成大军征讨长州，但是，萨摩藩拒绝出兵。其实，萨摩藩与长州藩早已秘密结成同盟。
从中斡旋这件事的，就是土佐藩出身的坂本龙马。他认为，为了创造一个不会输给欧美的新国家，萨摩和长州的联手是必须的。没有得到萨摩藩等协助的幕府，在与长州的战争中连战皆北，战争以长州的胜利收场。以此战为契机，幕府以武力支配全国的事，变得困难了。
