庆应4年，延续了260年的江户幕府倒台，日本进入明治时代，这场社会大变革同样改写了日本樱花的命运。江户变成了东京，在文明开化的洪流中，一座座种有樱花的庭院和大名宅邸被无情地拆除，改建成一幢幢洋房。江户百姓曾费尽心思苦心栽培的珍稀樱花品种，也一株株地被砍倒，濒临灭绝。危机关头，勇敢站出来拯救樱花的是明治时期的匠人们，一群无名勇士发起了一场保卫江户传统樱花的战斗。
明治初期东京的郊外，驹込有一位名叫高木孙右卫门的植树匠人，从江户时代起，高木家就代代从事植树相关的工作。眼睁睁的看着街道旁一棵棵樱花树的消失，高木十分心痛，于是，高木趁着工作的间隙，四处寻找还未遭砍伐的樱花树，并截取他们的部分树枝用于移植。樱花对周围的环境变化十分敏感，樱花的移植和培育工作即使在现在也是十分不容易。高木不断在失败中摸索，不断改进各种培育方法，让樱花在自家田地上生根发芽。高木收集的珍稀品种多达84种，包括雍容艳丽的杨贵妃和绿叶般青翠的御衣黄在内，久而久之，高木家那片地竟变成了濒临灭绝的江户珍稀樱花的庇护所。
这时，另一个男人看中了高木培育出来的樱花，他就是荒川沿岸江北地区的清水谦吾。清水作为村子的代表，恳请高木将部分樱花移植过去。当时的荒川经常河水泛滥，筑堤一事早已提上日程，清水希望能在荒川堤坝上种植樱花，以带动村子发展，说不定能借此让人们重新认识到江户樱花的重要性，此想法也与高木不谋而合。第二年，村中的有志之士开始尝试在荒川堤坝上种植樱花。得知这个计划的村民纷纷表示愿助他们一臂之力，参与者多达150人以上，其中，尤为热心的是一位名叫船津静作的村民。
樱花本就不易种植，不同品种的培育方法也各有不同，要想在堤坝上大量种植不同种类的樱花，并非易事。船津在种植樱花方面是个外行，于是他虚心向植物学家请教，学习不同樱花品种的培育方法，做成的总结笔记《樱品记》，至今仍保存在其后代家中。笔记根据不同品种，详细记录了樱花的生长情况，从中我们也得知樱花的培育并非一帆风顺。每当进入春天，船津等人便及时确认开花情况，不遗余力得加大成活品种的移植，樱花的种植工作十几年来一如既往，从未间断。
终于，在计划实施24年后，明治43年春天的到来，船津和村民们在荒川堤坝上栽培的樱花一齐绽放了。开放的樱花多达78种，共3200株，红、粉、绿、黄……五颜六色的樱花一排排的林立在堤坝上，犹如笼罩着五彩祥云一般，不知从何时起，此处的樱花林被人称为“五色樱”，吸引了众多国内外游客。这一年，甚至连皇族也慕名而来，引起了巨大反响，樱花的珍贵得到了认可，被指定为天然纪念物。
荒川堤坝上繁殖出来的樱花，被移植到小石川植物园，静冈园艺实验场等各地的研究设施之中，濒临品种的保护措施得到了实质性进展，并在全国范围内进行推广。随后，荒川堤的樱花漂洋过海，来到美国首都华盛顿，3750棵樱花树于流经市中心的波托马克河两岸怒放，全美首屈一指的樱花林，实际上是从日本东京荒川堤移植而来的。明治45年，作为日美友好的象征，日本将樱花赠予美国。
然而，挽救江户樱花灭绝危机的荒川堤的樱花树，不久却迎来了悲剧性的结局。昭和16年，太平洋战争爆发，由于战况不断恶化，物资极端匮乏，荒川堤坝的樱花树也被人砍去用作燃料。作为守护江户樱花的一大功臣的荒川堤樱花，也依旧无法避免消亡的宿命。直到30多年后的昭和56年，荒川堤坝的樱花意外地迎来了复活的契机。美国华盛顿的人们剪下过去获赠的荒川堤樱花的树枝，回赠给日本。如今，在立足区居民的协助下，当地人正试图重现当年的樱花林。
