1月5日，伏见街道，新政府军的阵营里，运来攻破德川传习队工兵技术的兵器——四斤山炮，这门大炮最大的特征在炮身里，里面有膛线，在膛线的作用下，大炮提高命中精度，射程更远，炮弹回旋速度加快，有极强的贯穿力。普通大炮无法摧毁酒桶阵地，四斤山炮是打破这一防线的王牌武器，炮弹穿入土磊中，爆炸，接二连三地破坏了德川军的阵地。
不断败北的德川军开始撤退，打算在大本营所在的淀迎击敌军。在淀地区，有一座难以攻陷的名城——淀城。城的四周，有重重水渠和城壕，能够防止敌军的入侵。深得德川家信赖的谱代大名稻叶正邦，掌管着这座城池，只要能进入淀城，就能阻止新政府军前进的步伐。而且，大坂城周边还有5000名德川军未上战场，等待着发号施令，如果他们作为援军前往淀城，那么德川军注意击退新政府军。
但是，德川军失算了。这时候，淀的藩主在江户，不在城内，由家老代替藩主处理政务，泷川具举想进城而未能行。淀藩留守家老八太监物托辞藩主不在，请恕在下无法开门迎接，城门禁闭，这场决定战争走向的实践被称为“淀藩的叛变”。为什么传统支持德川家的谱代大名淀藩会拒绝德川军入城呢？
2015年，人们发现了揭开这一历史之谜的新史料，参加了当时战争的淀藩的武士的日记《京地变动大军实录》。里面记载了事情要追溯到鸟羽伏见之战爆发前的一个月，德川军希望暂借淀藩的城池一用，这个时候，留守的淀藩众家老，以藩主不在为由，拒绝了德川军入城的请求，但是给德川军提供了其他地方修整军队，就是位于淀城100米左右的藩校明亲馆，这里布局条件还不错，场地广阔，能容纳一定数量的人员，德川军便在这里安置了大本营。对德川军而言，毫无疑问他们会觉得淀藩是友军，坚信急时刻能够让他们进入淀城，因而疏忽了和淀藩的联系。
但是，淀藩却一直等待着德川家的联络。根据记载，鸟羽伏见之战第二天，1月4日，战斗打响了，作为德川家谱代，却迟迟没有收到德川大人的任何作战命令，德川家不会是忘记我们淀了吧？淀藩全然不顾德川军的意愿。由此可见，德川家和淀藩，这时已经有了嫌隙。淀藩家老八太监物当时的决定是以防万一，坚守城池，我们能做的，只有这些了。
然而，淀藩还收到了意外的来自新政府的命令。支持萨摩藩的公卿三条实美，向淀藩传达了天皇的指示，无论发生何事，决不能听从德川家。德川军深信自己能随意入城，没有派任何人前来联络；新政府又给淀藩施加压力，命令他们不准援助德川，淀藩陷入了两难的境地。如果应旧幕府军交出淀城，新政府军就会认为淀藩是同幕府军一伙的，淀藩就会受到强烈的攻击。最终，淀藩做出了痛苦的决断，不将枪口对准德川军或新政府军，保持武装中立，所以坚持不让德川军入城，自己守住自己这块地。
同一天，让其他仍在犹豫跟随哪一方的藩国做出抉择的最终王牌出现在战场上，这就是御锦旗。后醍醐天皇开创过将锦旗作为政府军象征的这一先例，但那是500多年前，传说中的旗帜，几乎无人见过。制作出这面锦旗的正是岩仓具视，岩仓基于历史传统设计，并在绝佳的机会送上战场。5日早晨，锦旗从萨摩所在的大本营东寺送出，在下午，成功送至淀城的新政府军手中。锦旗的效果显著，之前还观望不定的诸藩纷纷倒向新政府这一边。5日傍晚，高举锦旗的新政府军，成功占领了位于淀城的德川军大本营。
以拥有强大实力自居的德川军，规模越是庞大，越是容易分崩离析。淀城被攻陷的消息，很快就传到身在大坂的德川庆喜耳中。德川方内部开始混乱，好在这要紧的关头，德川庆喜发挥了卓越的领导力：听好啦，这次作战，本就不是为了对抗朝廷而发动的，虽然我方不幸战败，目前处境极其危险，这也一定是上天给予的明鉴，即便大坂城被烧毁攻陷，我也要守护到底！假如我战死沙场，还请关东各位忠义家臣，继承我的意志！众多官兵听完庆喜的演说，士气大振，决意拼死一搏。
这时，德川军的最前线，从淀城后退了5千米，前方士兵也知晓了将军的意愿，泷川具举号召大家同心协力，战斗到底。德川军在崩坏之际，因庆喜的演说而大受鼓舞，军心稳固，接下来，鸟羽伏见之战朝着最终局面发展。
锦旗出现，淀城失守，从结果来看，淀城陷落是个重要的分水岭。如果德川军能守住淀城，向大坂请求援军，就能补充武器弹药，作为战略反攻之地，淀城能发挥很大的作用；如果淀城失守，那就没有机会逆袭京都。纵观鸟羽伏见之战全局，可以说是幕府大意了，就算不派兵，也须时时刻刻同各部保持联系，加强监视并做好防卫工作，即使新政府军有所动作，发现苗头后，立刻应对，但幕府军忽视这点，最终才一败涂地。站在淀藩人的立场来看，保持中立，才不用承担责任，这是个顺应大局的判断。对淀来说不幸的是，历史书上记载的是“在开始便作出了选择”这样一句话，给人留下了坏印象。
