依照宋儒学说，自然及人类世界是浑然一体、上下有序的。不过德川时代的日本人了解到现实世界比理想中复杂得多，连儒家学者本身亦不例外。宇宙万物要融合在一起并非易事，人欲和义理常与日常社会中的正统观念相冲突。当儒者正在探讨这些矛盾时，在城乡的百姓及武士精英分子则积极参与创新各种思想及文化生活，衍生出多种流派。争论约始于17世纪60年代，当时的宋儒思想已受幕府护荫，成为正统学问。在其后200多年中，各个思想家及学派不断争论何者才是真正的儒家思想，亦有学者从不同学术渊源中汲取灵感，挑战号称为儒家正宗的学派。
在寻求儒学当代意义的过程中，古学派的影响最重要，对宋儒学说的冲击亦最大。钻研古学思想的学者很多，其中最著名的是荻生徂徕（1666-1728）。古学派之所以得名，是因为它认为正确的知识必须直接求之于孔子本人原来所编撰的典籍，由朱熹所创立的宋儒学说，或朱学在中国、朝鲜以及日本的传人均不能诠释古文字的真正意义。上述看法十分有趣，因为朱熹在12世纪所提出的主张，便是要重返古代儒家经典，反对倚赖后人解读。
徂徕尊崇孔子，亦颂赞那些遵奉儒家思想而建立各种政治制度的古代圣王。他强调武士必须以古代圣王为法，敦励品行，克尽义务。他亦要求武士以古代制度为师，改革今天的体制。徂徕认为，古代圣王所谓的“大道”是指政治伦理体制，它并非上天赐予，而是各个圣王以其高超智慧及前瞻性所创制的。言下之意，德川幕府的后代圣王皆可以改革政治体制，其前提是必须正确理解古代典籍、礼法以及制度。
对于徂徕及其同时代人，甚至包括其后继者而言，问题在于如何合理化各种制度改革，同时鼓励创造性的政治活动。他们很清楚社会正在变化，但其动能却是源于古代的思想及经验。它们最后归结于一个永恒“大道”，超越时间，其根源来自中国，此亦是徂徕所力奉不懈的。在18世纪初，徂徕出任幕府公职，他一方面建议幕府采用中国税制及文官制度，另一方面亦考虑到实际情况，建议幕府采取大胆措施，如容许农民买卖土地。
18世纪初，商人亦如徂徕等武士出身的学者一样，开始研读古籍，关心当前社会，并提出批判性见解。最突出的例子是，大阪地区出现一些由平民资助的学术机构。其中最著名的是怀德堂，它是获得德川幕府正式承认的。近年怀德堂的研究成果改变了过去对德川商人的看法。以前认为在儒家体制中，商人的地位一直很低下，不会在政治上产生作用。研究怀德堂的学者则指出政治与经济其实是不可分的，故武士与商人实际上是平起平坐的，只不过前者掌管官僚行政工作，而后者则经营经济事务，而经济同样是整个社会不可或缺的一部分。
当然，怀德堂的知识分子无意挑战武士的统治权。当时日本商人的想法与18世纪的欧洲城市资产阶级不同，他们无意反抗贵族权力。德川时代所强调的是商人与官僚间的相辅相成关系，同时两者的行为操守及社会作用都是等量齐观、无分轩轾的。在现实里，城乡商人均担任工商业的龙头角色，尽力发财致富，但国家亦得以富强，这些想法逐步成为德川文化传统的一个重要组成部分，并延续至近代。
德川时代的文化因素不但见于规行矩步的武士学人、商人支持的严肃学院环境里，其流风所及亦见于各大城市的娱乐场所，其中又以江户城及大阪城最明显。在那里，剧院、书坊与茶楼、娼馆并肩而立，武士亦混杂在老百姓中，一起欣赏木偶戏及歌舞伎。戏剧的内容多半是飞短流长的八卦新闻及耸人听闻的罪案，不过亦反映当时社会中一些更深刻的矛盾，如责任与欲望、公法与私义等。
德川时代的各大城市是小说、诗歌及绘画汇聚所在，它们栩栩如生地反映出百姓及浪人的生活，亦间接挑战那些在现成体制中高唱仁义道德的老夫子。以井原西鹤（1642-1693）为例，他所写的通俗小说常以宗教、商人的贪婪以及世人的物欲为嘲弄对象，他亦爱写底层人物，并将其作为小说中的男女英雄。在《好色一代女》中，他用讽刺手法讲述一个追求宗教真理的故事。书中主角是一名艺伎，她希望找到一个理想的爱人。到故事结尾，那名艺伎站在一个寺庙内，环顾里面上百尊佛像，每一个都使她想起以前的一位爱人。另一位著名的江户作家是诗人松尾芭蕉（1644-1694），他具有敏锐的感知能力，其俳句歌颂自然及消逝中的过往。他虽然身处繁荣的大城市中，却不时避居到农村。他的作品充满乡愁，眷恋着宁静的乡村生活。他最著名的诗句是：旧池飞蛙水声。
由于文艺市场空前繁荣，德川时代亦有丰富的文化成果，其中最闻名于世的是“浮世绘”木刻版画。顾名思义，“浮世”是代表秦楼楚馆中追求片刻欢娱的世界。木刻版画约在德川中期开始流行，艺伎及歌舞伎等的木刻像得以大量生产，画家亦因此在文化界中受到瞩目。他们稍后转向山水画，创作出不少名作，与芭蕉的农村作品相互辉映。版画常附有文字说明，故德川时代的版画事业，也许为日本20世纪的漫画首开先河。
在城市文化生活中，两个重要的戏剧传统兴起，即歌舞伎及“文乐”木偶戏。歌舞伎源起于男女娼馆为招徕客人寻欢作乐进行的户外表演，场地多半选择干涸的河床，再加上熊虎表演或相扑游戏，故洋溢着一片嘉年华气氛。1629年，幕府禁止女性参加歌舞伎演出，目的是打击娼妓，但歌舞伎最后仍存活下来，而且因祸得福，表演方式得以进一步改善，成为具有特色的日本传统艺术。因为女性角色要由男演员扮演，更能让演员专心发挥演技，所以成为歌舞伎舞台中最耀眼的部分。同时一些后现代观念亦浮现其中，在17世纪及18世纪的舞台上，性别身份完全看当时表演的需要，并非由其生理特征所决定。
“文乐”木偶戏仅次于歌舞伎，成为江户时代最新的文化成果。它的演员是木偶，大小约等于真人的2/3。每个木偶最多可由3人操纵，在音乐伴奏下，一个技巧甚佳的表演者会连说带唱地介绍剧情。木偶戏能够吸引众多文人学者，主要是因为它不需要对付自负的演员，可以尽情发挥想象空间，因此木偶戏常具有很高的文学性。最伟大的“文乐”作家是近松门左卫门（1652-1724），他的作品突出表现一般百姓生活中的悲哀，经常包括当时社会上流传的家庭凶杀悲剧。
近松的作品掌握到德川时代思想及社会中的矛盾对立所在，经常流露出人情与义理间的紧张性。《曾根崎心中》是他的一部名作，“心中”意指殉情，作品以曾根崎发生的一对恋人自杀事件为经纬。男主角是个卖纸商人，他爱上一名娼妓，结果招致家人不满，再加上生意失败，最后他把妻子的和服抵押，以所得金钱为该名娼妓赎身。由于遭妻子及家人唾弃，在罪恶感与人欲交相折磨下，他与恋人最终自寻短见。在故事结局里，人生责任毁灭了人欲，但观众对男女主角仍充满同情，希望有情人能终成眷属。
近松所探求的矛盾人生，亦发生在政治层面，最具代表性的是《四十七浪人》（浪人指失去主人的武士。1703年，四十七名赤穗武士为其主复仇后被判死刑）。1706年，近松将其写成木偶戏。18世纪40年代，赤穗武士故事又被改编为歌舞伎剧目，名为“忠臣藏”。这是德川时代舞台上流传最广的剧作，即使到今天，它仍是日本电影及舞台上甚受欢迎的题材。虽然它的出处广为人知，但木偶及歌舞伎剧作均没有直接提及1703年的事件，而是把场景移至数百年前。整个故事歌颂武士的忠义，他们的主人被政敌冤枉致死，为了报仇，他们罔顾法令，攻杀其主人的政敌。与家喻户晓的《曾根崎心中》一样，破坏法律及秩序者必须受到惩罚，因此四十七名武士被幕府赐以自尽，作为其报复私仇的代价。虽然无论在现实事件中还是在戏剧中，武士们均死得轰轰烈烈，但这亦突出德川政治世界中的一些重要矛盾，即武士究竟是向谁效忠？
剧作家及演员均有意探求上述各色各样的矛盾，但最终仍以娱乐观众为目的。同时德川的政治顾问及御用学者亦设法限制这些文化形式，并谋求解决各种矛盾。因此剧场与妓院这些娱乐场所四周都围以高墙，它的位置亦常限于城市边缘，远离人烟。武士被禁止进入。幕府与诸大名又订立《奢侈禁止令》，规定社会行为必须符合其世袭地位，例如各级武士、商人以及平民均有一定的服色要求，亦规定谁才有资格乘坐舆乘，房屋大小面积亦要与屋主的身份及地位相配。法令甚至规定饮食习惯，农民不许饮用茶，只能喝白开水。
在整个德川时代，幕府不断重申上述各种禁令，亦反映出执行禁令的难度，很多人根本没有遵守。由此看来，幕府的专制权力是有其限度的。然而无论如何，法律定出一个肃杀的调子，其所隐含的矛盾稍后便显露出来。不过直到今天，日本与其他社会一样，一方面在文化生活及公共政策上道德标准倾向于排斥奢华生活，歌颂克己节约；另一方面大众文化仍鼓励发财致富及有品位的大量消费。
当政者亦严加限制歌舞伎演出的剧目、时间及次数，这反映出德川幕府要全面防堵其统治下的各种矛盾。荻生徂徕曾向幕府献策应付四十七名浪人的复仇事件，亦提及尽忠某一大名与维系整个社会的秩序价值，两者会有冲突。荻生承认他们是义士，因为知耻近乎勇，他们是下定决心报仇，以维持自身的清白。尽管如此，荻生仍认为国家法律必须维持，故四十七名浪人应受惩处。以武犯禁是不能宽恕的，如果原则因特例而受到损害，国家纲纪便不再会受到尊重。
还有其他最后无法解决的矛盾，其中之一便是世袭与个人才德的冲突。按照儒家传统，统治者是有才德者居之。在中国，所谓才德是指个人通过不断学习，最后凭科举攀上高位。日本在奈良平安之世曾一度实施过科举制度，但德川时期的武士却无须参加考试，他们的地位及收入来自世袭，官吏任用亦大致与其世袭地位高下相关。故终德川之世，大部分时间无须为才德与世袭的矛盾烦恼，学者及统治阶层虽然口头上强调要为名藩及幕府选贤任能，但实际上，家世仍是决定武士仕途最重要的因素。
到18世纪，当社会逐渐觉醒到危机的来临，有人开始抱怨统治阶层不能选用“才德之士”任高位。因此在“服务大名”一词被提及时，常被当时社会视为笑柄。在18世纪及19世纪，一些被史家称之为贤能改革者的思想家，呼吁统治阶层任用人才，改革制度。他们的目标基本上是要保存及强化现存政权，不过他们的批判却另有一层含义，意指当政者若继续漠视才智之士，他们政权的合法性及生存终将不保。
第二个具有颠覆性的冲突环绕在天皇与将军的关系上。一方面，德川幕府密切监管朝廷所有活动，同时亦利用各种象征——从日光等神社以至外交仪礼——以强调另一种统治合法性的根据；但另一方面，将军名号理论上仍由天皇授予，此种大义名分终幕府之世不断为人所指出。倡议者有些固然是位于德川统治阶层外围，但亦有位于权力结构边缘者。他们主张德川幕府只不过是代天皇摄政，其地位完全由天皇委任。以水户藩为例，其藩主是德川家族分支，将军若无子嗣，理论上其可以入承将军大统。在17世纪末，水户藩主光圀每逢新年，便会身穿朝服，向京都膜拜。他向从臣表示：“天皇为君，当今将军为德川一族之长。”在这种思想影响下，一旦日本出现动乱，不满德川统治的人很容易便会利用天皇作为他们造反的凭借。
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